在国家大政策的调控背景下，兼并重组已是大势所趋。然而，如何兼并重组仍然面临着很多问题和考验。
　　广州市奶业协会理事长王丁棉表示，他并不认可当前所谓的强强联合，以三元收购三鹿和太子奶为例，收购完之后并没有盈利，反而一直拖累三元的业绩，所以大企业并购大企业并不一定会变强。在他看来，中型企业与中型企业可以合并，中型企业可以对小企业兼并，反而更易实现优势资源互补。
　　事实上，兼并重组除了考虑企业自身实力外，还要考虑兼并企业的渠道。据了解，飞鹤收购关山乳业之后，就面临着渠道变革的问题。目前飞鹤依然沿用传统的经销渠道，即从公司到经销商到分销商再到门店，这种长渠道模式虽然比较稳定，但与关山乳业直接做孕婴门店控制终端的方式相比，还是缺乏灵活性。
　　乳业资深人士解观胜表示，由于目前孕婴专卖店以连锁形式出现，越来越有话语权，他们更愿意与厂家直接合作，以保证利润空间。在飞鹤收购关山之后，经销模式是否要调整仍然面临着很多不确定性，而这种调整能否继续保持关山的市场份额也是个未知数。因此，兼并重组还要考虑到企业与企业之间的管理模式如何融合。
　　蒙牛收购雅士利后，业界所关心的是雅士利旗下的奶粉品牌发展如何。据施恩内部人士透露，双方的重合度还是比较高的，目前是独立经营。在收购后，会有一些新的变化包括框架性管理经验的引入，渠道及生产工厂的变化。
　　该人士表示，收购之后渠道的变化主要来自消费者的变化和市场竞争环境的变化，公司根据这些变化在渠道方面也做了相应的调整。一是线下部分参照合生元的会员模式，对客户进行精准营销；二是KA渠道的选择的变化，三聚氰氨事件之前更多企业都在争取规模销售，而很少考虑大卖场高昂的运营费用，现在更多考虑的是确保收益，因此对大卖场的投入会减少；三是线下渠道向下推进，目前已经延伸到三线市场，包括县级市及乡镇，进行通路精耕。
　　除了渠道变化外，上游工厂生产的限制也对收购的企业提出了挑战。比如，与蒙牛一体化相比，雅士利的工厂有些需要整改，因为一些工厂还达不到GMP认证标准，因此整改的成本还是比较高的。
　　当然，也有并购重组后看上去“磨合”得不借的例子。2013年11月下旬，圣元乳业对上海纽贝滋营养乳品有限公司的旗下品牌“育婴博士”进行了并购重组。但知情人士透露，纽贝滋与圣元并购其实是一种转让合作关系，即纽贝滋将“育婴博士”品牌转让给圣元后，圣元负责为该品牌生产产品，再由“育婴博士”原来的销售团队销售，而圣元只需要在加工生产的产品上加上一定比例的利润即可。这种合作模式，不仅使纽贝滋省去了投资建厂的麻烦，对于圣元来说，也省去了对新收购品牌的管理运作。
　　但也有分析人士认为，这种模式其实算不上是收购，只是“深度合作”。如果“育婴博士”市场销售不好或出现质量问题的话，首当其冲受影响的是圣元品牌。